Для субъектов малого и среднего бизнеса, осуществляющих фармацевтическую деятельность с правом изготовления лекарств, существовали барьеры для реализации продукции в рамках ГОБМП.

В связи с введением Казахстанского национального лекарственного формуляра как обязательной основы для формирования лекарственных формуляров организаций здравоохранения в рамках ГОБМП, возникла проблема закупа препаратов, изготовленных в аптеках, больничными организациями за счет бюджетных средств. Согласно законодательству РК, лекарственные средства, изготовленные в аптеках, не подлежат государственной регистрации, а при отсутствии регистрации цена на торговое наименование лекарственного препарата не регистрируется. В случае отсутствия зарегистрированной цены препараты не могут быть закуплены в рамках ГОБМП. Это ограничило участие аптечных организаций с правом изготовления лекарств в закупках лекарственных препаратов в рамках ГОБМП, грозило нанести финансовый ущерб аптекам, вплоть до угрозы их закрытия.

В январе 2017 года приняты ряд поправок в действующие нормативные правовые акты, регламентирующие закуп лекарственных средств в рамках ГОБМП, в части уточнения требования к государственной регистрации экстемпоральных препаратов. В настоящее время эксперты продолжают работу по внесению дальнейших поправок в подзаконные нормативные правовые акты в части установления дифференцированного подхода к закупу лекарственных препаратов, изготовленных в аптеках в рамках ГОБМП.